19 октября 2002 года ушел из жизни бессменный в течении трех десятилетий руководитель Института академик И.С.Грамберг. Третьим по счету директором стал известный ученый-геофизик и организатор морских экспедиционных работ, ныне член-корреспондент РАН Валерий Дмитриевич Каминский.
В 2000-ые годы главные объекты исследований ВНИИОкеангеологии вступили в стадию промышленного освоения (нефть и газ арктического шельфа) или геологоразведки (твердые полезные ископаемые Мирового океана) . Соответственно, Институт приобрел принципиально новое направление деятельности - информационно-аналитическое обеспечение недропользования (геолого-экономическая оценка ресурсных объектов, мониторинг состояния изученности акваторий и мониторинг лицезионного процесса, подготовка нормативно-правовых документов и т.д.). Весь этот комплекс направлен на обоснование стратегии ресурсной деятельности на шельфе и в океане и создание соответствующих государственных программ.
«Локомотивом» исследовательской деятельности ВНИИОкеангеологии в последнее десятилетие стала важная гео - политическая проблема обоснования внешней границы континентального шельфа России в Арктике геолого-геофизическими методами. Работы были начаты во ВНИИОкеангеологии еще в 1980-ых г.г., а в настоящее время выполняются на широкой межведомственной основе с привлечением новейших технологий и технических средств. При этом за Институтом остается нучно-методическое обеспечение исследований и подготовка итоговой заявки. Уникальные натурные эксперименты, выполненные в Северном Ледовитом океане, дали сведения о строении литосферы, каких мало для других океанов Земли. Новый нестандартный геолого-геофизический материал требует как создания адекватных методов его обработки и интерпретации, так и новых концептуальных подходов в познании геологической эволюции Северной полярной области Земли.
Конечной задачей фундаментальных исследований является разработка общей модели арктического минерагенеза, увязывающей в единую систему процессы океанского, шельфового и континентального нефте- и рудообразования, с выходом на прогнозирование и поиск новых сверхкрупных и уникальных месторождений. Главная геолого-экономическая задача – это определение значения минерагенического потенциала Арктики в общем минерально-сырьевом балансе России и разработка государственной стратегии его освоения.